于是在时任首辅严嵩、吏部侍郎王邦瑞等人的建言下，明廷废除团营、东西两官厅制，重新恢复三大营制，在京诸卫军，俱分隶于三营。
在京营的管理上，也随之停止了宦官担任提督、监铳官的做法，设置戎政府机构。戎政府长官称为总督京营戎政，由武官担任，给关防之印。副职称为赞理军务后改称协理戎政，由兵部或监察院长官选充，不给关防之印。
而隆庆帝即位后，文官对京营的控制则由集中走向分散。隆庆四年，大学士赵贞吉奏疏，极言戎政官独揽大权之害。经兵部条议，革除总督戎政一职，三大营每营各设总兵官、副将。三总兵各给关防之印，仍由武官选充。协理戎政一职，改从兵部、监察院中选拔文官三人担任，仍称提督。
但这样一来，相当于明廷为防范京营集权之弊走向了另一极端，出现了六名提督共理京营戎政的局面，权责过于分散，互不为政成为京营管理突出的困境。
“自设六提督后，各持意见，遇事旬月不决。”
这当然不行，所以赵贞吉一致仕，高拱立刻就废除了这个自缚手脚的制度，仍恢复总督、协理戎政各一员。
与世宗时期不同的是，总督、协理戎政各给关防之印。在原本的历史上，从此之后，戎政府制只是稍有更改，但总体基本沿袭下来，直至明朝灭亡。
这么回顾一下就很清楚了：京营的大权，曾经一度全操于内廷，而现在，内廷却被文官集团和武臣勋贵们排挤出了京营核心权力之外，即便是御马监掌印太监，其实也只是在京营挂名，充作监军而已，不再享有指挥调动等实权。
正是因为御马监掌印太监这个职务虽然权力大减，但却仍然拥有相当重大的意义，因此一直让司礼监首席秉笔兼掌。
然而，高拱现在却偏偏针对首席秉笔“兼掌过多”动手了。
高拱的建议是，首席秉笔的首要任务，应该是参与批红，不应该过多的兼掌其他事务，其目前的兼掌如东厂、如御马监，最好一并放弃，如果皇上担心拆分太多而影响首席秉笔在内廷的权威，那么至少也应该拆分一项出去，交于其他秉笔太监分掌。
这个建议，其实就是高拱这道疏文的核心，其他的说法，诸如“以前只有三四个秉笔，每人要兼管三到四个内廷重要机构，所以应该添设秉笔，今后每位兼掌两个机构就行之类”的话，其实都是为了不使“削冯保”显得太突兀而为之的。
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